يقع مسجد العين في مدينة البيرة، إلى جانب عين ماء تاريخية معروفة على الشارع الرئيسي بين القدس ونابلس، بالقرب من مبنى البلدية. وقد سُمي المسجد باسم "العين" نسبة إلى هذا النبع، وتبلغ مساحة المسجد حوالي 3,000 متر مربع.
يعود بناء المسجد إلى الفترة العثمانية المتأخرة، تقريبًا بين عامي 1850 و1917م كانت بداياته عبارة عن غرفة صغيرة بجانب العين، استُخدمت مستوصفًا أو مدرسة للقراءة والكتابة خلال العهد الأيوبي أو قبل ذلك (وفق بعض الدراسات التي تربطه بفترة صلاح الدين الأيوبي (القرن الثاني عشر الميلادي)).
أضاف الأهالي مئذنة عام 1942م، وتحملوا ثلثي التكاليف، بعد أن كانوا قد بنوا قاعدتها سابقًا، في حين تحمل "المجلس الإسلامي الأعلى" ثلث التكلفة المتبقي، وقد اكتملت في يوليو من ذلك العام. وشهد الجامع توسيعات لاحقة منها: إعادة بناء وتوسيع عام 1930م، وتوسعة إضافية في 2005م لتستوعب عددًا أكبر من المصلين.
