يعود تاريخ هذه القلعة إلى عام 1387م، أي عام 789هـ، حيث بناها الأمير يونس بن عبد الله النورزي العبادلة كما طلب السلطان برقوق أحد سلاطين العصر العربي الإسلامي المملوكي ومؤسس دولة المماليك البرجية.
وقد بنيت لتكون بمثابة مركز يتوسط الطريق بين دمشق والقاهرة، يتخذه التجار والمسافرون مكاناً للراحة واللقاء والتزوّد بما يلزمهم من حاجيات في تلك الرحلة الطويلة بين أكبر مدينتين في دولة المماليك البرجية حينها، إضافة إلى الاحتماء من اللصوص وقطّاع الطرق من البدو والأغراب الذين كانوا يعترضون طريق المسافرين في هذه الحقبة.
تبعد قلعة برقوق الآن مسافة 20 كم عن الحدود الفلسطينية المصرية وتتوسط مدينة "خان يونس" جنوب قطاع غزة، تبلغ مساحتها نحو 16 دونماً، كان شكل القلعة مربّعاً، طول كل ضلع من أضلاعه 85.5 متراً وتتخذ زواياه 4 نقاط رئيسية من البناء تشير كل زاوية إلى جهة من الجهات الأربع. وتدعم هذه الزوايا أبراج دائرية ولا تزال بقايا البرج الجنوبي الغربي باقية إلى الآن.
وتتألف القلعة من طابقين ومسجد للصلاة. تعود تسمية مدينة "خان يونس" إلى تلك القلعة، فكلمة "خان" تعني "القلعة" أو "السوق" وهو الشق الأول من الاسم، أما الشقّ الثاني فهو "يونس" وهو اسم الأمير يونس الداودار الذي بناها على نحو ما ذُكر آنفاً.